清道光中济南学者马国翰所辑之丛书名。该书一百册，七百三十九卷，凡五百九十四种。是一部规模巨大的辑佚书，辑录之书均为唐以前已散亡的古籍，分经、史、子三编。其中经编最多，比较完备；史、子两编数量少而又舛错疏漏无体例，为未经编定之稿。所辑大部分书皆为作序录，介绍作者、卷数、内容及流传情况，对了解佚书大有裨益。所辑佚书包含丰富的内容，为研究古代思想、学术、科技等方面，提供了大量资料，历来受到学术界的重视。传世刊本后附辑者自著《目耕帖》三十一卷。

       该书因马国翰去世未能刊行。1870年，在丁宝桢协助下，泺源书院从马国翰亲属处借出《玉函山房辑佚书》的书板，整理后分订一百册印刷行世。为后世学术研究提供了珍贵资料。
       清末李慈铭在其日记里谈及此书为“以《古经解钩沉》及张介侯《二酉堂丛书》等为蓝本，而博稽广搜，较之王氏《汉魏遗书》，详略远判”。然而以一人之力辑成如此洋洋巨制，有失审慎之处也是在所难免的。就古籍辑佚整理而言，《玉函山房辑佚书》仍不失为一部资料翔实的巨著。